Rankiem 17 września Józef z wielkim trudem nógł połknąć Chleb Eucharystyczny.Ofiarował tę Komunię za papieża i Kościół, jak napisałw liście do Rzymu monsinior Onofri. Pozostawał skulony aż do wieczora; dał się zaobserwować długie chwile ciszy, które obecnie uznawali za momenty uniesień. Od czasu do czasu przyciskał ręce do piersi i „ofiarowywał się Bogu”.
O świcie 18 września, we wtorek, nie mógł już z powodu wyschniętych ust i powiększonego języka – przyjąć „Baranka”. Była to wyraźna oznaka nadchodzącego końca. Dzień przebiegł powoli. Po kolacji, kiedy wspólnota niechętnie udała się na spoczynek, w jego ceili zostali lekarze i kilku ojców. Umierający opowiadał jak mógł wezwana Litanii do Matki Bożej i świętych i na modlitwę konających. „Amen! Amen!” zakończył zamierającym głosem. Było to jak pieczęć na końcu księgi jego życia.
Leżał później już nieruchomo. Jego twarz zaczęła się rozjaśniać jakby była oświetlona promieniami słońca. Poświadczyli to obaj lekarze, gwardian i ojciec Sylwestro. Wydawało się, że Józef odpoczywa i nie odczuwa cierpienia. Uśmiechał się lekko. Być może widział już „karocę posłuszeństwa”, która wyrusza z nieba i zastępy świętych niosących koronę sprawiedliwości. Kwadrans przed północą jego twarz rozjaśniła się raz jeszcze i święty zakonnik zakończył życie długim, niewysławionym uśmiechem.
19 września,od świtu aż do zmierzchu ogromne tłumy ludzi przeszły przez zakrystię, by zobaczyć, jak wygląda święty, którego imię tak czcili i szanowali.
Ceremonia pogrzebu odbyła się rano 20 września. Trumnę złożono w we wnęce grobowca pod kaplicą Niepokalanej, wówczas po lewej stronie ołtarza głównego. Od tamtego momentu zaczęły się trwające do dziś pielgrzymki do grobu Józefa z Kupertynu. Świadectwa cudownych uzdrowień oświetlają ciągle oblicze człowieka, który osiągnął świętość w blaskach łaski i męczeństwie posłuszeństwa.
